• Her bir çalıştay için katılım 20 kişi ile sınırlıdır.
• Her bir çalıştay, katılımcı sayısı 10’un üzerine çıktığında açılacaktır.
• Çalıştaya kayıt için tıklayın.

Çalıştay İçeriği: 

1. Protein ve Ligand Seçimi (PDB Tabanlı Yaklaşım)
Bu aşamada, Protein Data Bank (PDB) veri tabanı kullanılarak hedef proteinlerin seçimi gerçekleştirilecektir. Seçim kriterleri; çözünürlük, deneysel yöntem (X-ray kristalografi, NMR vb.), biyolojik fonksiyon ve literatür desteği dikkate alınarak belirlenecektir.
Docking çalışmalarında kullanılacak ligandlar ise literatür taraması, kimyasal veri tabanları (PubChem, ZINC vb.) ve rasyonel tasarım yaklaşımları doğrultusunda temin edilecektir.

2. Yapıların Hazırlanması (Protein ve Ligand Hazırlık Süreçleri)
Seçilen protein ve ligand yapılarının docking analizine uygun hale getirilmesi için aşağıdaki işlemler gerçekleştirilecektir:

• Protein yapısından su moleküllerinin ve ko-kristal ligandların uzaklaştırılması
• Eksik atomların tamamlanması ve protonasyon durumlarının belirlenmesi
• Enerji minimizasyonu işlemleri
• Ligandların 3B yapı optimizasyonu ve uygun formatlara dönüştürülmesi (örn. PDB, MOL2)

3. Bağlanma Bölgesi ve Aktif Bölge Analizi (Koordinat Tespiti)

Hedef proteinin bağlanma cebi veya enzim aktif bölgesi aşağıdaki yöntemlerle belirlenecektir:

• Ko-kristal ligand bilgisine dayalı aktif bölge tanımlama
• Yapısal biyoloji verilerinin analizi
• Kör docking (blind docking) yaklaşımı
• Literatür destekli aktif bölge doğrulaması

4. UCSF Chimera ile Moleküler Docking Uygulaması
Bu bölümde, UCSF Chimera yazılımı kullanılarak docking işlemi gerçekleştirilecektir. Süreç kapsamında:

• Protein ve ligand dosyalarının programa yüklenmesi
• Docking parametrelerinin (grid box, exhaustiveness vb.) ayarlanması
• Docking algoritmasının çalıştırılması
• Farklı bağlanma modlarının (poses) elde edilmesi

5. Docking Sonuçlarının Analizi ve Yorumlanması
Docking sonrası elde edilen sonuçlar aşağıdaki kriterler doğrultusunda değerlendirilecektir:

• Bağlanma enerjileri (binding affinity)
• Ligand-protein etkileşimleri (hidrojen bağları, hidrofobik etkileşimler, π-π etkileşimleri vb.)
• En uygun bağlanma konformasyonunun belirlenmesi
• Görselleştirme ve etkileşim haritalarının oluşturulması

Sistem Gereksinimleri

Minimum Gereksinimler (Temel Kullanım)

İşletim Sistemi: Windows 10 (64-bit) veya üzeri sürümler. Windows 7 ve önceki sürümler resmi olarak desteklenmemektedir.

İşlemci (CPU): 4 çekirdekli modern işlemci

Bellek (RAM): 8 GB (16 GB önerilir)

Ekran Kartı (GPU): OpenGL 3.3 desteğine sahip entegre veya giriş seviyesi ekran kartı

Depolama Alanı: Minimum 10 GB boş disk alanı (yazılım, geçici dosyalar ve projeler için)

 Yazılım İndirme ve Kurulum

UCSF Chimera İndirme Bağlantısı:
https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/cgi-bin/secure/chimera-get.py?file=win64/chimera-1.19-win64.exe
Vina İndirme Bağlantısı:
https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina/releases/download/v1.2.7/vina_1.2.7_win.exe

Önemli Not: İndirilen kurulum dosyasını çalıştırmadan önce, kurulum yapacağınız dizinde yeterli disk alanı olduğundan emin olunuz.

Kritik Teknik Uyarılar

1. Türkçe Karakter İçeren Dosya Yolları

UCSF Chimera ve AutoDock Vina yazılımları, dosya yollarında Türkçe karakterler (ı, ş, ğ, ü, ö, ç, İ) ile çalışırken ciddi uyumluluk sorunları yaşanabilmektedir. Bu durum, aşağıdaki hatalara yol açabilir:

• Dosya bulunamama hataları
• Encoding (kodlama) sorunları
• AutoDock Vina'nın başlatılamaması
• PDBQT dosyalarının okunamaması

2. Bilgisayar/Kullanıcı Adı Kontrolü

Eğer bilgisayarınızda veya kullanıcı klasörünüzde Türkçe karakter içeren isimler bulunuyorsa (örneğin: Çiğdem, Irmak, Çağan, Şule, Özgür vb.), bu yazılımları kullanırken sorun yaşamanız yüksek olasılıktır.

Öneri: Bu tür bir durumda, çalışmanızı ASCII karakterler içeren (İngilizce alfabesindeki harfler ve rakamlar) bir kullanıcı hesabı veya klasör yapısı altında gerçekleştirmeniz önemle rica olunur.

3. Güvenli Dosya Yolu Örnekleri

Uygun Yollar:

• C:\chimera_work\
• C:\Users\Ahmet\projects\docking\
• D:\molecular_studies\run1\

Riskli Yollar:

• C:\Users\Çiğdem\belgeler\
• C\bilgiasay\projeler\
• D\ışın_kaya\docking_calismalari